市公共检验检测中心内设十一个科室：
(一)办公室
负责机关日常运转工作。承担信息、安全、机要保密、档案、政务公开、信访、后勤保障等工作。承担党务、干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作。负责公共检验检测事业发展规划编制、项目申报等工作。负责财务、资产管理、统计等工作。负责内部审计工作。
(二)市场服务科
负责检验检测对外市场开拓和市场服务工作。负责食品(含食品相关产品、食品添加剂、保健食品、酒类食品)、药品、化妆品、粮油产品、农产品、水产品、工业产品质量等有关产品的日常监督抽查、快速检测工作。
(三)业务技术和质量管理科
负责检验检测管理系统运行维护工作。负责业务受理、任务分配、进度协调、结果审核、报告书发放工作。负责检验检测质量管理体系的建立、实施、管理工作。负责仪器设备(标准物质)量值溯源工作。
(四)食品检验检测科(市食品药品检验检测中心)
负责食品(含食品相关产品、食品添加剂、保健食品、酒类食品)检验检测以及技术研究，并提供质量分析报告。
(五)农产品检验检测科(市粮油质量检测站)
负责农产品、粮油、水产品检验检测以及技术研究，并提供质量分析报告。
(六)化学药品检验检测科
负责化学药品(含抗生素药品、生化药品、化妆品)检验检测以及技术研究，并提供质量分析报告。
(七)中药品检验检测科
负责中药品(含中药材、中药饮片)检验检测以及技术研究，并提供质量分析报告。
(八) 生物测定科
负责食品(含食品相关产品、食品添加剂、保健食品、酒类食品)、药品、化汝品等生物测定工作以及技术研究，并提供各类质量分析报告。
(九)计量检定测试科(市计量检定测试所)
依委托开展社会公用计量标准、量值传递、执行强制检定。负责法律规定的检定、校准、测试和定量包装商品净含量计量检验工作。负责能源计量数据采集、监测、检测工作。开展能源计量器具计量检定、测试、校准技术研究。
(十)工业产品检验检测科
负责工业产品质量检验检测以及技术研究，并提供质量分析报告。
（十一）离退休干部科
负责离退休干部工作。